Архив метки: ДНК-анализ

«Микробософт» для биоинформатики

(Июнь 2007)

Два события в области синтетической биологии — одно громкое, другое тихое — при рассмотрении их в совокупности дают картину очень серьезных сдвигов, происходящих как в науке о жизни, так и в бизнесе на жизни.

synthetic-bio

Начать имеет смысл с события тихого и для неспециалистов практически незаметного. В последние дни мая (2007) на страницах научного журнала BMC Bioinformatics опубликована статья двух германских исследователей из Университета Мюнстера «Водяные знаки на основе ДНК и алгоритма ДНК-Крипт» (Dominik Heider, Angelika Barnekow: DNA-based watermarks using the DNA-Crypt algorithm, BMC Bioinformatics, 8:176, 29 May 2007).

Цель статьи — продемонстрировать реальные приложения разработанной авторами технологии по внесению в код ДНК закрытых криптографией водяных знаков. Такие знаки, закодированные в молекулах, позволяют выявлять неавторизованное использование генетически модифицированных организмов (ГМО), защищенных патентами.

Читать далее «Микробософт» для биоинформатики

Мусор науки, или Другая сторона криминалистики

(Ноябрь 2016)

Средства массовой информации, кино и ТВ-сериалы порождают у публики представления о могуществе так называемой «криминалистической науки». Но если копнуть эту область чуть поглубже, то выясняются странные вещи…

0-forensic

(1) Что происходит?

В сентябре 2016 года весьма солидный окологосударственный орган США, носящий название Президентский консультативный совет по науке и технике (или кратко PCAST), опубликовал в высшей степени сердитый аналитический отчет, целиком посвященный криминалистике (PDF).

Документ имеет объем свыше 170 страниц и озаглавлен учеными-экспертами в подчеркнуто нейтральных тонах: «Криминалистическая наука в уголовных судах: Обеспечение научной обоснованности для методов сравнения характеристик». Но если начать вникать в содержание и выводы отчета, то довольно быстро становится ясной простая вещь: хотя в криминалистике и принято видеть комплекс научных дисциплин, однако именно с тем, что делает данное занятие наукой – с научной обоснованностью базовых методов экспертизы – здесь имеются очень и очень большие проблемы…

Читать далее Мусор науки, или Другая сторона криминалистики

Базовый инстинкт

(Февраль 2007)

2007_10_figure17

Сколь важны базы данных в работе полиции и следователей-криминалистов, очевидно, наверное, для всех. Причем еще с первых десятилетий XX века, когда американское ФБР возглавил Эдгар Гувер, в сыскном деле начал доминировать нехитрый принцип «чем база больше, тем лучше». Мощь всеобъемлющих картотек впечатлила Гувера уже в ранней молодости, в годы работы клерком в Библиотеке Конгресса.

Правда, в отличие от библиотечных картотек, размеры полицейских баз данных долгое время естественным образом ограничивались недостаточными возможностями техники. Однако новейшие ИТ-технологии, в первую очередь ставшие доступными гигантские объемы памяти и быстродействие процессоров, дают — или, по крайней мере, кажется, что дают — полиции возможность «приглядывать» практически за всем населением.

С февраля этого (2007) года британской Службой криминологии (Forensic Science Service) запущена в работу «первая в мире национальная база данных отпечатков обуви», собираемых на местах преступлений и с арестованных подозреваемых.  Полиция сильно надеется, что эта база позволит быстрее увязывать следы нераскрытых преступлений с предполагаемыми преступниками, а также объединять разные дела, тянущиеся за одними и теми же людьми.

Читать далее Базовый инстинкт

«Песня о жизни», слова и музыка ДНК

(Февраль 2003)

musica-genomica

Человека всегда волновала тайна удивительно мощного воздействия музыки, способной заставлять маленьких детей пускаться в пляс, а взрослых ронять скупую слезу.

Существуют теории о том, что вся гармония природы наполнена музыкой, которая неслышно звучит и внутри нас. А удивительная реакция организма на отдельные мелодии связана, возможно, с тем, что мы просто узнаем в услышанном именно то, что уже нас наполняет. Поскольку «любить — это узнавать знакомое»…

Группа испанских ученых-микробиологов из мадридского госпиталя Ramon y Cajal решила довольно своебразным способом исследовать эту гипотезу и занялась преобразованием информации генома человека к виду нотной последовательности, пригодной к исполнению на музыкальных инструментах.

Разворачивание цепочек ДНК в музыку оказалось весьма плодотворным занятием, так что недавно завершилась запись целого CD, получившего название «Genoma Music» и содержащего 10 «генетических» мелодий.

Читать далее «Песня о жизни», слова и музыка ДНК

Часть проблемы

(Апрель 2007)

LBJonstump

Среди перлов народной мудрости, накапливаемой в пословицах и поговорках фольклора, переводчикам, как известно, далеко не всегда удается находить равноценные эквиваленты для разных языков.

Обычно этот лингвистический нюанс любят обыгрывать эстрадные юмористы, переводя, к примеру, посконно-русскую идею «баба с возу, кобыле легче» в кучерявую англоязычную максиму «леди, покидающая автомобиль, увеличивает скорость транспортного средства».

Но когда речь заходит о вещах серьезных, а для совокупного их описания лучше всего подходит какая-то иностранная поговорка, не имеющая устойчивого аналога в родном языке, то поневоле дашь собственный перевод красивой мысли — даже если получается и не очень складно.

Конкретно здесь речь пойдет о широко распространенном в англоязычных странах изречении «если никак не можешь решить проблему, то ты сам — часть этой проблемы». Ибо за последнее время произошла целая  череда событий, в которой раз подтверждающая эту вроде бы нехитрую, но в действительности очень глубокую мысль.

Новости об убийстве JFK

Если начать вспоминать самые знаменитые в мировой истории шпионские сюжеты про тайное прослушивание, то одним из первых непременно станет Уотергейтское дело.

Главной же фигурой в этой нелегальной операции президента США Никсона против конкурентов-демократов был некто Эверетт Говард Хант, мастер по секретным заданиям в президентской администрации, а до этого — видный оперативный сотрудник ЦРУ, в 1950-60 гг. лично участвовавший в таких делах, как свержение левого правительства в Гватемале, подготовка вторжения на Кубу в Заливе Свиней, захват в плен и убийство Че Гевары.

Имелись также мутные свидетельства, что человек с внешностью Ханта был среди группы подозрительных бродяг, задержанных, а потом отпущенных полицией Далласа вблизи места убийства президента Джона Кеннеди в ноябре 1963.

В результате расследования Уотергейтского дела Говарду Ханту пришлось отсидеть 33 месяца в тюрьме, после чего он отошел от тайных операций и занялся написанием шпионских романов. К концу же долгой жизни Ханта тело его стали сжирать самые разные болезни от хронической пневмонии до рака и гангрены.

И уже, по сути дела, на смертном одре (Хант умер 23 января этого, 2007 года) он поведал старшему сыну то, что прежде не рассказывал никому и никогда — кто убил Джона Фицджеральда Кеннеди.

Читать далее Часть проблемы

Код свободы

(Август 2013)

Не архиважное, на первый взгляд, событие – решение американского суда об аннулировании патентов на пару конкретных генов в ДНК человека – в действительности имеет огромное значение для всех людей планеты.

take-back-our-genes

Суть собственно события, произошедшего 13 июня 2013 года, сводится к тому, что Верховный суд США поставил точку в тянувшейся уже четыре года тяжбе и единогласно постановил, что гены – как фрагменты естественной ДНК – являются продуктом природы, а потому не подлежат патентованию.

Для выбора взвешенной точки зрения на всю эту большую историю, представляется полезным в первую очередь ознакомиться с такими фактами.

В геноме человеческой ДНК ученые насчитывают свыше 20 тысяч генов. Благодаря достижениям современных технологий секвенсирования, ныне практически любой человек – при наличии желания и денежной суммы порядка 4 тысяч долларов – может заказать и получить полную расшифровку лично своей уникальной ДНК.

Не надо быть гением математики и биотехнологий для постижения того, что  расшифровка всего лишь двух, трех или четырех конкретных генов должна обходиться если и не в тысячи, то в сотни раз дешевле уж точно.

Однако в том мире, который выстроили для человека государства и корпорации, подобная наивная логика не работает совершенно.

Так что в реальной жизни, если этот человек – женщина, и если ее интересует не столько весь собственный геном, сколько всего-лишь два конкретных, очень важных для ее здоровья гена, мутация которых означает повышенные риски рака груди и яичников, то стоимость этой расшифровки определяют совсем другие деньги.

Или точнее говоря, не другие, а в точности те же самые – от 3 до 4 тысяч долларов, но теперь за диагностику лишь двух этих генов, носящих названия BRCA1 и BRCA2. Потому что американская компания Myriad Genetics уже около двадцати лет владеет патентами на эти гены и давно организовала вокруг «своей интеллектуальной собственности» монопольный диагностический бизнес.

Так что цена на вполне обычные, в общем-то, для современной медицины генетические анализы устанавливается не на основе их реальной стоимости, а исключительно на основе жадности корпорации, которую интересуют лишь собственные сверхприбыли и монопольное доминирование.

Благодаря такой стратегии уровень ежегодных доходов Myriad к 2012 году составил около 500 миллионов долларов, а лично глава фирмы Питер Мелдрам (Peter Meldrum) за 2011 год заработал 4,87 миллиона.

Монополия Myriad Genetics является особо впечатляющим, но при этом, конечно, далеко не единственным примером крайне нехорошей ситуации в той многомиллиардной индустрии, что успела сформироваться вокруг патентования генов.

Мало того, что при подобных подходах к бизнесу наиболее страдающей стороной оказываются люди, и так уже попавшие в тяжелую ситуацию из-за проблем со здоровьем. Так еще и личные гены людей, как убеждены околомедицинские корпорации, принадлежат не человеку, а владельцам патентов, объявляющих эти гены их «интеллектуальной собственностью»… Читать далее Код свободы

Не патентуемо…

(март 2010)

Американский федеральный суд отменил патенты на несколько человеческих генов. В сегодняшнем тесно связанном мире это решение практически для всех может сулить большие перемены в законодательстве об интеллектуальной собственности.

nopatdna

В понедельник 29 марта 2010 года федеральный судья одного из округов Нью-Йорка своим решением отменил сразу несколько патентов, ранее выданных на два человеческих гена, связанных с раковыми заболеваниями.

Столь знаменательное решение в американской судебной практике принято впервые. Так что если его удастся сохранить в силе после непременных апелляций, то далее наверняка будут поставлены под сомнения и все прочие патенты, накрывающие ныне тысячи человеческих генов.

Ну а в потенциале, по мнению специалистов, такой поворот событий вообще может повлечь за собой пересмотр американских законов об интеллектуальной собственности.

Если же принять во внимание, сколь огромное число стран на планете ― включая и Россию ― все последние годы перекраивает собственное законодательство о правах интеллектуальной собственности по образцу законов США, то становится очевидно, что в сути этого локального, на первый взгляд, судебного разбирательства имеет смысл разобраться поподробнее.

Федеральный окружной судья Роберт Свит (Robert W. Sweet) издал 152-страничное решение суда, которое отменило семь патентов, относящихся к двум конкретным генам человеческого генома. Эти гены носят названия BRCA1 и BRCA2, а для медицины представляют особый интерес по той причине, что их мутации связываются с тяжелыми женскими заболеваниями ― раком груди и яичников.

Для того, чтобы оспорить правомочность данных патентов, в мае прошлого года активисты одной из ведущих в стране правозащитных организаций, ACLU или Американского союза гражданских свобод, и фонда Public Patent Foundation при нью-йоркской школе юриспруденции Benjamin Cardozo, объединились с несколькими индивидуальными пациентками и медицинскими организациями.

mygenes

Все вместе истцы решили доказать в суде, что гены, как продукт природы, естественным образом выпадают из той области, что может быть кем-то запатентована. Подобные патенты, доказывали они, для ученых душат исследования и инновации, а для пациентов ограничивают возможности тестирования и диагностирования их болезней. Читать далее Не патентуемо…